Cada proyecto debe tener una meta explícita y clara relacionada con la conservación de la biodiversidad, en una de las líneas estratégicas del EcoFondo que son: 
Conservación del Guacamayo Verde Mayor
En el marco del proyecto “Implementación de un programa de conservación del Guacamayo Verde Mayor: Ara ambigua guayaquilensis en el Bosque Protector Cerro Blanco y sus cercanías”, ejecutado por la Fundación Pro-Bosque, se ha encontrado en la zona de influencia del mencionado Bosque Protector un nido del Papagayo de Guayaquil, especie considerada en peligro de extinción.Leer más
El 60% de los Fondos se invertirán en áreas que se encuentran a lo largo de la ruta del Oleoducto
El 30% de los Fondos se gastarán para beneficiar parques y áreas protegidas ubicadas en las regiones productoras
El 10% de los Fondos se utilizarán para beneficiar áreas de importancia nacional consideradas frágiles